μετ’ αὐτοῦ καὶ τὸν τότε ἀρχιμανδρίτην Τιμόθεον, ὅςτις ἐκτιμηθεὶς δεόντως καὶ παρὰ τῶν λοιπῶν συνοδικῶν, ἰδίᾳ τοῦ τότε ἀρχιεπισκόπου Σύρου καὶ Τήνου Λυκούργου, προςελήφθη μὲν τὸ πρῶτον ἐν τῇ ὑπηρεσίᾳ τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τῆς Ἑλλάδος συνεστάθη δ’ εἶτα ὡς προϊστάμενος ἀρχιμανδρίτης τῆς ἐν Πέστῃ τῆς Οὐγγαρίας Ἑλληνικῆς Κοινότητος ἀνενεχθείσης ἐπὶ τούτῳ τῇ Ἱερᾷ Συνόδῳ τῆς Ἑλλάδος. Καὶ ἐδέχθη μὲν οὗτος νὰ μεταβῇ εἰς τὴν νέαν ταύτην θέσιν του, ἀλλ’ ἡ ἀπόφασίς του ἐματαιώθη ἕνεκα τοῦ αἰφνιδίου ἐν Τήνῳ θανάτου τοῦ πατρὸς αὐτοῦ, μὴ δυνηθέντος νὰ ἐπιζήσῃ τῆς νέας ὑποδουλώσεως τῆς πατρίδος του.
Μετὰ τὸν θάνατον τοῦ πατρὸς αὑτοῦ ἀπομείνας μόνος προστάτης τῆς ἀπωρφανισμένης πολυμελοῦς οἰκογενείας του ἠναγκάσθη νὰ κατέλθῃ μετ’ αὐτῆς εἰς Κρήτην κατὰ τὸ 1869, ἀχώριστος τοῦ λοιποῦ κοινωνὸς τῆς τύχης αὐτῆς γενόμενος. Εἰς Κρήτην ἐλθὼν εὗρεν ἅπασαν μὲν τὴν πατρικὴν οὐσίαν κατεστραμμένην, ἑαυτὸν δὲ παντὸς ὑλικοῦ στηρίγματος ἐστερημένον· καὶ προὐτάθη μὲν ἀμέσως ἡ ὑποψηφιότης αὐτοῦ ἐν τῇ τότε κενῇ θέσει τῆς Ἐπισκοπῆς Ῥεθύμνης, ἀλλ’ ἀπεκρούσθη ὑπὸ τῆς Κυβερνήσεως λόγῳ ὅτι οὗτος ἀνήκει εἰς σφόδρα ἐπαναστατικὴν οἰκογένειαν τῆς Κρήτης, οὕτω δ’ ἐματαιώθη ἡ ἐκλογή του.
Ὅτε ὅμως κατὰ τὸ 1870 παρῃτήθη ὁ τέως Ἐπίσκοπος Χερσονήσου Μελέτιος ὑπὲρ τοῦ ἡγουμένου Ἀγκαράθου Μελετίου, σύσσωμος λαὸς καὶ κλῆρος, συμπαθοῦντες τῇ ἀπωρφανισμένῃ ἕνεκα τῆς ἐπαναστάσεως οἰκογενείᾳ αὐτοῦ, ἀποβλέποντες δὲ καὶ εἰς τὰς περικοσμούσας αὐτὸν σπανίας ἐκκλησιαστικὰς ἀρετάς, ἀπῄτησαν παρὰ τοῦ τότε Μητροπολίτου Κρήτης Μελετίου νὰ προτιμηθῇ ὁ Τιμόθεος παντὸς ἄλλου ὑποψηφίου ἐν τῇ ἐπισκοπῇ τῆς ἰδιαιτέρας ἐπαρχίας αὐτοῦ Πεδιάδος. Τοῦτο καὶ ἐγένετο καὶ τῷ 1870 ἀνελάμβανεν τὸ πρῶτον ὁ νῦν Μητροπολίτης Κρήτης τὴν ποιμαντορικὴν ῥάβδον. Τὴν ἐπισκοπὴν Χερρονήσου ἔμενε ποιμαίνων οὗτος μέχρι τοῦ 1882, ὁπότε, ἀποθανόντος τοῦ τέως Μητροπολίτου Κρήτης Μελετίου, ἐψηφίσθη Μητροπολίτης Κρήτης ἔκτοτε δὲ ἐξακολουθεῖ διατελῶν ἐν τῷ ὑψηλοτάτῳ τούτῳ ἐν Κρήτῃ ἐκκλησιαστικῷ ἀξιώματι, ἐπιλύσας εὐδοκίμως τὸ ἐκ τῆς ἀδεξιότητος τοῦ προκατόχου του δημιουργηθὲν ἐπισκοπικὸν ζήτημα, οὗ ἕνεκα ἔμενον ἐστερημέναι θρησκευτικοῦ ἀρχηγοῦ αἱ ἐπισκοπαὶ Κυδωνίας καὶ Ῥεθύμνης ἀποστέργουσαι τοὺς ἐψηφισμένους ἐπισκόπους αὐτῶν, λίαν δ’ ἐπιδεξίως διεξάγων καὶ τὰ ἑκάστοτε ἀναφυόμενα καὶ ἕνεκα τῆς πολιτικῆς τῆς νήσου καταστάσεως δυσχερέστατα καὶ πολύπλοκα ἐκκλησιαστικὰ ζητήματα, εἰς τρόπον ὥςτε κατέστη οὗτος ἡ ἀγάπη τοῦ ποιμνίου του.
